A trama gira em torno de Afro, herói que dá nome à série e das bandanas, Um e Dois. Ainda quando pequeno, Afro vê seu pai, Rokutaro, dono da bandana Número Um ser desafiado por Justice, portador da bandana de Número Dois. Após a batalha (fantástica por sinal), Rokutaro é morto e a sua bandana é tomada. Afro presencia a morte do pai e jura vingança.
No anime, a lenda das bandanas diz que existem duas, Número Um e Número Dois. O Número Um terá o poder de dominar o mundo como um deus, porém o Número Um só pode ser desafiado pelo Número Dois, já esse pode ser desafiado por qualquer pessoa.
A história se passa numa espécie de Japão feudal, mas com vários apetrechos tecnológicos, tais como lasers, bazucas, celulares, cyborgs, câmeras e outras coisas.
No desenrolar dos episódios, Afro vai fazendo seu caminho até o Número Um e enfrentando inimigos que querem a sua bandana, e assim se tornarem o Número Dois. O herói conta com a companhia de seu “amigo” Ninja Ninja que é uma espécie de conselheiro. Enquanto, o primeiro é totalmente sanguinário, que quase não fala e totalmente frio, Ninja Ninja é um falastrão (até de mais), medroso e que só assiste tudo o que acontece ao herói. O companheiro de Afro, fala como se fosse do gueto americano, com gírias e sotaque. Um bom trabalho feito por Samuel L. Jackson, que dubla os dois personagens na série.
obs: os episódios de afro samurai aqui postados são legendados.
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